Бумажный НДС плохо стал держаться, если не было оплаты в сторону фирмы, которая дает вычет.
Лечится ситация следующим образом:
1. Хорошо работает в пользу подтверждения реальности сделки взыскание Поставщиком (который дает Вам вычет по НДС) денежных средств с Покупателя (Вашей конторы) через Арбитражный суд. При отсутствии расчетов по сделке, но наличии судебного спора, налоговая с большей степенью вероятности будет считать эту сделку реальной. Право требования долга можно потом по цессии уступить подконтрольному лицу, но это детали. Чтобы подстраховать себя от приключений, между Вашей конторой и поставщиком бумажного НДС можно поставить подконтрольную Вам "прокладку" (например, ООО без счета, купленное по случаю за 20к).
2. Второй вариант - оформлять ТРЕХСТОРОННИЕ договора, где Покупатель - Ваша контора, Поставщик - контора, которая дает Вам вычет по НДС, и Платежный агент - контора или ИП, куда Вы слили деньги без НДС. В процессе камеральной проверки такой документ может быть признан реальным и вычет "встанет". Опять же, сильно зависит от региона - чем дальше от Москвы и Питера, тем сложнее )))